Il primo convento fu fondato nel 1551 in contrada Balduccio, oggi Cappuccini vecchi. I Frati vi rimasero 70 anni. La distanza dalla città, le strade malagevoli, portarono i Frati a comprare nel 1610 un terreno più vicino alla città, e nel 1611 il 23 ottobre vi fu piantata la Croce. Negli anni successivi vengono effettuati diversi interventi per ingrandire o ristrutturare il Convento.
Dal 1707 al 1809 il Convento fu luogo di Noviziato. Successivamente luogo di studio. Con la soppressione degli Ordini religiosi del 1866 il Convento passò al Demanio. La Biblioteca fu incamerata dallo Stato ed andò ad arricchire la Biblioteca Comunale. Il 20 marzo 1876 il Convento, posto all’asta, fu aggiudicato a P. Fedele da Troina, il quale concorse all’asta anche a nome di altri tre frati troinesi. L’orto, invece, dopo essere passato per diversi proprietari, nel 1885 fu acquistato dal P. Giacinto La Greca da Troina. Il 12 ottobre 1885, eseguiti i lavori necessari, fu costituita canonicamente la famiglia religiosa nel Convento. Nel frattempo si diede inizio anche ai lavori della nuova Chiesa, che fu solennemente aperta al culto nell’agosto del 1894. Nell’altare Maggiore sovrasta il grandioso quadro raffigurante la Madonna degli Angeli con S. Francesco e S. Chiara di Salvatore Bellomo (metà del secolo XVII) con la grande cornice costruita, tra il primo giugno del 1664 e il primo maggio del 1665, dai Frati Isidoro e Marco da Messina. Altre opere che si possono ammirare all'interno della struttura chiesastica: dipinto ad olio su tavola raffigurante l’Ecce Homo di Ignoto del XVI secolo; statua lignea dell’Immacolata del XVIII secolo; piccolo museo di cimeli appartenenti al Cardinale Guglielmo Massaia.
Nel 1970 la Chiesa fu eretta in Parrocchia. Nel 1997 invece la Parrocchia fu soppressa.
Oggi i locali del convento sono adibiti a Casa di accoglienza per i poveri e i bisognosi.
