Troina custodisce tracce di una memoria preistorica risalente al periodo castellucciano (III-II millennio a. C.) antecedente alla nascita della città greca di Engyon. Di epoca ancor più remota è la Capanna preistoricarinvenuta in località Scarvi. Secondo la ricostruzione degli archeologi dell’Università di Cambridge ed Oxford, la struttura in legno risalirebbe all’età del rame (IV-IIImillennio a. C.). Di dimensione 10x12 metri e con un’altezza di 3-4metri, al suo interno ospitava probabilmente una famiglia seminomade di circa 10 persone. Dagli scavi ,infatti, sono emersi frammenti appartenenti a zone diverse in cui si trovava la capanna, oltre alle abitudini alimentari e al tipo di animali che allevavano.

L’itinerario a cielo aperto si snoda su tre siti: monte Muganà,monte Troina e pizzo San Pietro. Sul versante sud-est del monte Muganà (1120 m. s.l.m.) sono presenti i resti di una necropoli indigena con caratteristiche tombe a “forno”. Nel quartiere Parapià è stata ritrovata una necropoli ellenistica (IV-II secolo a. C.) con 141 tombe scavate nella roccia (113 ad inumazione  e 28 ad incinerazione) corredati dai rispettivi elementi funebri.

Sul monte Troina visibili solo i resti delle mura ellenistiche (IV-III secolo a. C.) che cingevano l’acropoli con la parte meridionale del monte.

Sul versante sud orientale, nel quartiere Corso, sono stati rinvenuti i resti di un impianto termale romano (II-I secolo a. C.), riutilizzato in età bizantina per la costruzione della Chiesa di Santa Maria della Catena.

A pochi passi, sono stati ritrovati i ruderi di un complesso edilizio a terrazze intra moenia risalente al IV secolo a. C.. Proseguendo per la via Vittorio Emanuele è possibile osservare un antico pavimento a mosaico e in via Mustica i resti di un pavimento romano ad opus signinum.

Emergono i resti di un complesso abitativo (II-I secolo a.C.) nel quartiere Scalforio. Infine in contrada Arcirù sono state rinvenute tracce di una necropoli ellenistica.

Monte San Pantheon è il terzo sito. Anche qui sorgeva la cinta muraria difensiva, probabilmente la prosecuzione della fortificazione ellenistica.